I fondi speciali della Biblioteca sono suddivisi secondo il tipo di documenti che li compongono in fondi archivistici, composti da documenti di diversa natura (carteggi, atti etc.), e fondi librari, costituiti da monografie e periodici. Si tratta di materiale raccolto da istituzioni o da personaggi emeriti durante la propria attività e poi donato alla Biblioteca o acquistato dalla stessa. Si è deciso di mantenere l'unità di queste raccolte dando a ciascuna una collocazione specifica e rendendole facilmente distinguibili sia a scaffale che nel catalogo elettronico.
Si è voluto dare visibilità anche a quelle donazioni destinate a confluire, o già confluite, nella raccolta principale della Biblioteca, presentando le notizie che le riguardano.

Fondi archivistici:

• Fondo Benussi
• Fondo Stone

Fondi librari:

• Fondi Personali
• Fondo Coordinamento Bicocca per la Pace
• Fondo LabSMA
• Accademia Italiana della Cucina
• Fondo "Voci senza scorta"

Donazioni:

• Donazione Caldirola
• Donazione Cesi

Le informazioni su fondi e donazioni sono raggruppate per aree tematiche (origini e sviluppi del fondo, eventuale profilo dello studioso, tipologia e fruibilità del materiale, eventuale sito web o approfondimento).
Le descrizioni sono presentate in ordine alfabetico rispetto al nome del fondo o della donazione.